Ceritanya mengikuti Suzume, seorang gadis berusia 17 tahun dari kota Kyushu yang tenang yang bertemu dengan seorang pemuda yang sedang mencari pintu. Mereka menemukan sebuah pintu di dalam reruntuhan di gunung, dan Suzume membukanya. Segera, lebih banyak pintu mulai terbuka di sekitar Jepang, membawa bencana dari sisi lain. Film ini menggambarkan pembebasan dan pertumbuhan Suzume, saat dia menutup pintu yang menyebabkan bencana.