Musim kedua Isekai wa Smartphone ke Tomo ni. Touya Mochizuki mulai terbiasa dengan kehidupan barunya di dunia lain. Berbekal smartphone andalannya, remaja tersebut menerima misi kecil di waktu senggang sambil menghabiskan waktu bersama tunangan barunya: Yumina Urnea Belfast, Yae Kokonoe, dan saudara kembar Linse dan Elze Shileska. Tetapi bahkan di lingkungan yang santai, Touya baru mulai memahami tanggung jawab yang menyertai keterlibatan ini. Selain kesengsaraan romantisnya, peri tua Lean ingin menemukan sisa-sisa Babel, pulau terapung yang dibuat oleh Profesor Regina Babel yang misterius lima ribu tahun yang lalu. Touya dengan enggan menerima permintaannya dan mencari lingkaran teleportasi yang akan mengarah ke pulau. Namun, monster aneh telah muncul—mungkin cukup kuat untuk menghancurkan dunia. Untuk menyelamatkan nyawa kedua yang diberikan kepadanya, Touya harus mempersenjatai teknologi kuno untuk melawan monster-monster ini — sambil menyeimbangkan jumlah hubungannya yang luar biasa.